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El 98 % del ADN humano no produce proteínas, pero controla cuándo y cómo se expresan los genes.
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Ese territorio, llamado genoma oscuro, es clave para comprender enfermedades y desarrollar nuevas terapias.
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Su estudio transforma la medicina de precisión y redefine qué significa “leer nuestro ADN”.
De la euforia del Proyecto del Genoma Humano al misterio del 98 %
En 2003, el Proyecto Genoma Humano prometió que conoceríamos “el libro de la vida”.
Pero cuando los científicos completaron la secuencia, el entusiasmo se convirtió en desconcierto: solo el 2 % del ADN humano codifica proteínas, y el 98 % restante parecía silencioso o inútil.
Durante años, esa fracción se llamó “ADN basura”. Hoy sabemos que era una mala metáfora, puesto que en ese territorio inexplorado, el llamado genoma oscuro, se esconden los mecanismos de regulación que determinan cuándo, dónde y cuánto se expresan los genes tal como sugiere Cox (2023) en BBC Future.
“La evolución no tolera el desperdicio genético; que debe haber una razón evolutiva para mantener el tamaño del genoma”, afirmaron desde deCODE Genetics, pioneros en el estudio del ADN humano a gran escala..
Y el genoma oscuro parece confirmarlo.
Qué es el genoma oscuro (y qué no)
El genoma oscuro incluye todas las regiones del ADN que no codifican proteínas pero que influyen en la regulación génica, la arquitectura del cromosoma y la respuesta celular.
Según Oprea et al. (2019) en Mammalian Genome, estas regiones constituyen una red de control molecular que coordina la expresión de los genes y la estabilidad del genoma.
Se trata de un ecosistema de secuencias repetitivas, elementos móviles y ARN no codificantes que funcionan como un auténtico “sistema operativo biológico”.
Sin embargo, no todo el ADN no codificante tiene función.
Buena parte es neutra o aún sin validar experimentalmente, por eso los investigadores prefieren hablar de potencial funcional y no de función comprobada.
Comprender qué regiones del «genoma oscuro» son activas permite interpretar variantes genéticas que antes se consideraban irrelevantes, mejorando la precisión de los informes genéticos y el diseño de biomarcadores clínicos.
Los protagonistas del ADN: Transposones, pseudogenes y ARN no codificante
Transposones, los “genes saltarines”
Ocupan casi la mitad del genoma humano. Son fragmentos de ADN capaces de copiarse y desplazarse, generando diversidad genética.
Un estudio muestra que ciertos transposones antiguos se reactivan en respuesta al estrés, modificando la expresión génica sin alterar la secuencia original. Algunos investigadores incluso relacionan un evento transposón con la pérdida de la cola en los grandes simios.
Pseudogenes, copias con propósito
Durante años se consideraron restos evolutivos. Hoy se sabe que algunos actúan como reguladores, es decir, sirven de “esponjas” para moléculas de ARN que controlan la expresión de genes activos.
Su papel es especialmente relevante en cáncer y farmacogenómica, donde modulan la sensibilidad a tratamientos.
ARN no codificante, los mensajeros
Incluye los microARN y los ARN largos no codificantes (lncRNA).
Ambos regulan la expresión post-transcripcional, ajustando la actividad génica a señales ambientales o metabólicas. En España, grupos del CNIO y el CRG investigan cómo estos ARN podrían servir como biomarcadores precoces en cáncer de mama o patologías inflamatorias.
Así, los microARN circulantes ya se usan como indicadores en oncología y detectarlos en sangre permite diagnósticos menos invasivos y más personalizados.
Del «ADN basura» a cambiar la medicina
Más del 90 % de las variantes genéticas asociadas a enfermedades comunes se localizan en regiones no codificantes. Esto ha transformado la medicina de precisión ya que ahora se analiza no solo qué genes tenemos, sino cómo se regulan.
Durante años, la genómica clínica se centró en las mutaciones que alteran proteínas. Pero el genoma oscuro, antes invisible, se está convirtiendo en un decisor para entender por qué dos pacientes con la misma mutación responden de forma distinta al mismo tratamiento.
El reconocimiento de su potencial regulador ha llevado, incluso, a que numerosas compañías biotecnológicas incluyan variantes no codificantes en los paneles de riesgo y en el diseño de nuevas dianas terapéuticas.
Cambios en los diagnósticos
Un estudio publicado en Nature Communications (2025) analizó miles de muestras de tumores humanos y observó que ciertos elementos móviles LINE-1 (fragmentos de ADN capaces de replicarse y moverse) se activan en tejidos con mutaciones en TP53.
Esa reactivación se asocia con mayor inestabilidad genómica, lo que sugiere su posible uso como biomarcador de progresión tumoral.
Por otro lado, otras investigaciones han identificado cientos de genes poco estudiados, muchos de ellos dentro del genoma oscuro, que participan en rutas metabólicas, inflamatorias y cardiovasculares.
Todo ello apunta a que las nuevas dianas terapéuticas podrían encontrarse justo en esas regiones antes consideradas silenciosas.
El genoma oscuro ahora es capaz aportar una nota nueva al lenguaje de la biología.
Durante años la genética se centró en las mutaciones visibles, en las piezas que alteraban proteínas.
Pero lo que hoy empieza a revelarse, gracias a la secuenciación de lectura larga y al análisis de expresión, es que el significado biológico no siempre está donde se esperaba.
En la práctica, esto está cambiando cómo se interpretan los resultados genéticos.
- Una variante que antes se descartaba como neutra puede, en realidad, modular la expresión de un gen cercano.
- Un microARN puede explicar por qué un fármaco funciona en un paciente y fracasa en otro.
- Y ciertos transposones, al reactivarse, pueden dejar una huella molecular útil para predecir la evolución de un tumor.
La ciencia empieza a entender que el ADN no es un texto lineal, sino un sistema de relaciones. Y para leerlo bien es necesario comprender sus matices.
Fuentes y lecturas recomendadas
- Cox, D. (2023). The mystery of the human genome’s dark matter. BBC Future.
- Oprea, T. I., et al. (2019). Unexplored therapeutic opportunities in the human genome. Mammalian Genome, 30(7–8), 192–203.
- Solovyov, A., Behr, J. M., Hoyos, D., et al. (2025). Pan-cancer multi-omic model of LINE-1 activity reveals locus heterogeneity of retrotransposition efficiency. Nature Communications, 16(2049).
- ROME Therapeutics. (2023). The Dark Genome. White paper.